Il fascino di Roatàn, oltre alla natura incontaminata, è dovuto anche alla sua travagliata storia. Cristoforo Colombo approdò nella vicina isola di Guanja nel 1502. Sulle isole trovò una popolazione indigena che, subito, venne ridotta in schiavitù dai mercanti spagnoli.

Nello stesso tempo, i pirati francesi e inglesi, tra cui il celebre Henry Morgan, stabilirono qui i loro covi, trovando nelle baie nascoste di Roatà i rifui ideali per attendere e assaltare i vascelli iberici in partenza per l’Europa con le stive cariche di merce preziose.
Si dice che, nel XVII secolo, a Roatàn vivessero circa 5.000 pirati e sono molte le storie sui loro leggendari tesori, molti dei quali ancora nascosti da qualche parte. Nel 1782, tuttavia, gli spagnoli riuscirono a sconfiggere i pirati. Roatàn rimase quasi disabitata fino al 1797, quando gli inglesi deportarono sull’isola più di 2.000 caribi neri, sopravvisuti a una sommossa a Saint-Vincent. Questo originario gruppo prese poi il nome di Garifuna e discendensti si possono incontrare, oggi, nelle vicinanze di Punta Gorda. Roatàn e le altre Islas de la Bahaia passarono dalla Gran Bretanga all’Honduras nel 1859. Questa storia si riflette sui volti delle persone che vivono sulle isole e che hanno tratti somatici che rivelano una discendenza mista caraibica, africana ed europea, frutto della commissione genetica tra conquistadores, etnie locali e schiavi neri.